Основанный вокалистом Tool’а Джеймсом Кинаном (James Keenan) и бывшим гитарным техником Билли Ховерделом (Billy Howerdel), A Perfect Circle это продолжение популизированого Tool’ом альт-метал-сплава-с-арт-роком направления, основанное в середине 90-ых. Музыка проекта, идентичная по интенсивности и меланхолии с Tool’ом, в то же время менее темная и более мелодичная, с изумительными и неординарными инструментальными исполнениями.
После выпуска в 1996 году релиза Aenima, Tool обременил себя битвой с Freeworld Entertainment. После двух-летней баталии, артисты добились 50% прибыли с последующих альбомов и, чувствуя себя изнеможенными, решили немного отдохнуть от музыкальной индустрии. В тоже время, Keenan, вместе с Howerdel и Paz Lenchantin, создали A Perfect Circle. Keenan встретил Били в 1992 году когда Tool был открывающим актом для Fishbone. Howerdel был в те времена техником Fishbone, и сыграл пару своих сочинений Мэйнарду. Ему очень понравилось сочинения товарища и они решили собраться вместе в недалеком будущем. Пришлось ждать долго. Только после истории с Freeworld Entertainment, к трио Keenan (вокал), Howerdel (гитара) и Lenchantin (бас), присоединились гитарист Troy Van Leeuwen (Failure и Enemy) и барабанщик Josh Freese (Vandals, Guns’n’Roses).
Квинтет практиковался вместе некоторое время, но не оглашал о сотворении нового бэнда пока не выступил в Viper Room, Лос-Анджелес, 15 августа 1999 года. Howerdel, имеющий опыт написания песен и музыки вместе с Nine Inch Nails и Smashing Pumpkins, занял должность главного композитора и продюсера группы. В 2000 году группа выпустила дебютный альбом под названием Mer de Noms. За ними последовали Thirteen Step (2003) и Emotive (2004).
В данное время, в проекте наступило затишье на неопределенное время, по причине того, что James Keenan вернулся в Tool для релиза нового CD и долгосрочного тура по всему миру.